Riitta Lahesmaa

Publikationer

Publikationer per år 2010 2018 2022 2023 2023

• 31 Artikel
• 5 Översiktsartikel
• 1 Brev

Publikationer per år

Publikationer per år

Sökresultat

• 2010

  Activating transcription factor 3 is a positive regulator of human IFNG gene expression.

  Filén, S., Ylikoski, E., Tripathi, S., West, A., Björkman, M., Nyström, J., Ahlfors, H., Coffey, E., Rao, KV., Rasool, O. & Lahesmaa, R., mars 2010, I: Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950).

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
  34 Citeringar (Scopus)
• 2016

  CIP2A Promotes T-Cell Activation and Immune Response to Listeria monocytogenes Infection

  Côme, C., Cvrljevic, A., Moin Khan, M., Treise, I., Adler, T., Antonio Aguilar-Pimentel, J., Au-Yeung, B., Sittig, E., Daniel Laajala, T., Chen, Y., Oeder, S., Calzada-Wack, J., Horsch, M., Aittokallio, T., Busch, D. H., Ollert, M. W., Neff, F., Beckers, J., Gailus-Durner, V., Fuchs, H., & 4 andraHrabe de Angelis, M., Chen, Z., Lahesmaa, R. & Westermarck, J., 2016, I: PLoS ONE. 11, 4, s. – 18 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
  15 Citeringar (Scopus)
• 2018

  Characterization and non-parametric modeling of the developing serum proteome during infancy and early childhood

  Lietzen, N., Cheng, L., Moulder, R., Siljander, H., Laajala, E., Harkonen, T., Peet, A., Vehtari, A., Tillmann, V., Knip, M., Lahdesmaki, H. & Lahesmaa, R., 2018, I: Scientific Reports. 8, s. – 13 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
  9 Citeringar (Scopus)

• Enterovirus-associated changes in blood transcriptomic profiles of children with genetic susceptibility to type 1 diabetes

  Niina, L., Le T. T., A., K., J. M., Henna, K., Sami, O., Juha, M., Mikael, K., Riitta, V., Jorma, I., Jorma, T., Heikki, H., Lahesmaa, R. & L., E. L., 2018, I: Diabetologia. 61, 2, s. 381–388 8 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
  11 Citeringar (Scopus)

• Macrophage sensing of single-walled carbon nanotubes via Toll-like receptors

  Mukherjee, SP., Bondarenko, O., Kohonen, P., Andon, FT., Brzicova, T., Gessner, I., Mathur, S., Bottini, M., Calligari, P., Stella, L., Kisin, E., Shvedova, A., Autio, R., Salminen-Mankonen, H., Lahesmaa, R. & Fadeel, B., 2018, I: Scientific Reports. 8, s. – 17 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
  60 Citeringar (Scopus)

• Serum Proteomic Profiling to Identify Biomarkers of Premature Carotid Atherosclerosis

  Bhosale, SD., Moulder, R., Venalainen, MS., Koskinen, JS., Pitkanen, N., Juonala, MT., MAP, K., Lehtimaki, TJ., JSA, V., Elo, LL., Goodlett, DR., Lahesmaa, R. & Raitakari, OT., 2018, I: Scientific Reports. 8, s. – 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
  17 Citeringar (Scopus)

• snpEnrichR: analyzing co-localization of SNPs and their proxies in genomic regions

  Nousiainen, K., Kanduri, K., Ricano-Ponce, I., Wijmenga, C., Lahesmaa, R., Kumar, V. & Lahdesmaki, H., 2018, I: Bioinformatics. 34, s. 4112–4114 3 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
  1 Citeringar (Scopus)

• Time-resolved transcriptome and proteome landscape of human regulatory T cell (Treg) differentiation reveals novel regulators of FOXP3

  Schmidt, A., Marabita, F., Kiani, N. A., Gross, C. C., Johansson, H. J., Éliás, S., Rautio, S., Eriksson, M., Jude Fernandes, S., Silberberg, G., Ullah, U., Bhatia, U., Lähdesmäki, H., Lehtiö, J., Gomez-Cabrero, D., Wiendl, H., Lahesmaa, R. & Tegnér, J., 2018, I: BMC Biology. 16, s. – 35 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
  20 Citeringar (Scopus)

• Transcriptional Repressor HIC1 Contributes to Suppressive Function of Human Induced Regulatory T Cells

  Ullah, U., Bilal Ahmad Andrabi, S., Kumar Tripathi, S., Dirasantha, O., Kanduri, K., Rautio, S., Gross, C. C., Lehtimäki, S., Bala, K., Tuomisto, J., Bhatia, U., Chakroborty, D., Elo, L. L., Lähdesmäki, H., Wiendl, H., Rasool, O. & Lahesmaa, R., 2018, I: Cell Reports. 22, 8, s. 2094–2106 13 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
  32 Citeringar (Scopus)
• 2019

  An additive Gaussian process regression model for interpretable non-parametric analysis of longitudinal data

  Cheng, L., Ramchandran, S., Vatanen, T., Lietzén, N., Lahesmaa, R., Vehtari, A. & Lähdesmaki, H., 2019, I: Nature Communications. 10, s. – 11 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
  70 Citeringar (Scopus)

• Genome-wide CRISPR Screens in T Helper Cells Reveal Pervasive Crosstalk between Activation and Differentiation

  Henriksson, J., Chen, X., Gomes, T., Ullah, U., K B, M., Miragaia, R., Duddy, G., Pramanik, J., Yusa, K., Lahesmaa, R. & S A, T., 2019, I: Cell. 176, 4, s. 882–896 33 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
  109 Citeringar (Scopus)

• Quantitative Proteomics Reveals the Dynamic Protein Landscape during Initiation of Human Th17 Cell Polarization

  Tripathi, S. K., Välikangas, T., Shetty, A., Moin Khan, M., Moulder, R., Bhosale, S. D., Komsi, E., Salo, V., Sales De Albuquerque, R., Rasool, O., Galande, S., Elo, L. L. & Lahesmaa, R., 2019, I: iScience. 11, s. 334–355 44 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
  19 Citeringar (Scopus)
• 2020

  CIP2A Constrains Th17 Differentiation by Modulating STAT3 Signaling

  Khan, M. M., Ullah, U., Khan, M. H., Kong, L., Moulder, R., Välikangas, T., Bhosale, S. D., Komsi, E., Rasool, O., Chen, Z., Elo, L. L., Westermarck, J. & Lahesmaa, R., 2020, I: iScience. 23, 3

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • Phosphoprotein Phosphatase 2A 100%
  • STAT3 55%
  • Th17 Cell 44%
  • Interleukin 17 33%
  • Phosphorylation 22%
  10 Citeringar (Scopus)

  49 Nedladdningar (Pure)

• Plasma cell-free DNA methylation marks for episodic memory impairment: a pilot twin study

  Konki, M., Lindgren, N., Kyläniemi, M., Venho, R., Laajala, E., Ghimire, B., Lahesmaa, R., Kaprio, J., Rinne, J. O. & Lund, R. J., 2020, I: Scientific Reports. 10, 1

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  • Episodic Memory 100%
  • DNA Methylation 100%
  • Alzheimer's Disease 75%
  • Plasma Cell 75%
  • Cells 75%
  8 Citeringar (Scopus)
• 2021

  Interactome Networks of FOSL1 and FOSL2 in Human Th17 Cells

  Shetty, A., Bhosale, S. D., Tripathi, S. K., Buchacher, T., Biradar, R., Rasool, O., Moulder, R., Galande, S. & Lahesmaa, R., 28 sep. 2021, I: ACS Omega. 6, 38, s. 24834-24847 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • FOSL1 100%
  • Cellular Differentiation 40%
  • Interactome 40%
  • Copurification 20%
  • Binding Affinity 20%
  4 Citeringar (Scopus)

  36 Nedladdningar (Pure)

• Quantitative genome-scale metabolic modeling of human CD4⁺ T cell differentiation reveals subset-specific regulation of glycosphingolipid pathways

  Sen, P., Andrabi, S. B. A., Buchacher, T., Khan, M. M., Kalim, U. U., Lindeman, T. M., Alves, M. A., Hinkkanen, V., Kemppainen, E., Dickens, A. M., Rasool, O., Hyötyläinen, T., Lahesmaa, R. & Orešič, M., 9 nov. 2021, I: Cell Reports. 37, 6, 109973.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  • CD4 100%
  • Experiment 74%
  • Glycosphingolipid 50%
  • Cellular Differentiation 50%
  • Serine 25%
  8 Citeringar (Scopus)
• 2022

  A systematic comparison of FOSL1, FOSL2 and BATF-mediated transcriptional regulation during early human Th17 differentiation

  Shetty, A., Tripathi, S. K., Junttila, S., Buchacher, T., Biradar, R., Bhosale, S. D., Envall, T., Laiho, A., Moulder, R., Rasool, O., Galande, S., Elo, L. L. & Lahesmaa, R., 20 maj 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, 9, s. 4938-4958 21 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • FOSL1 100%
  • Regulatory Mechanism 33%
  • Single Nucleotide Polymorphism 33%
  • Th17 Cell 33%
  • Differentiation 33%
  10 Citeringar (Scopus)

  39 Nedladdningar (Pure)

• Biomarkers of nanomaterials hazard from multi-layer data

  Fortino, V., Kinaret, P. A. S., Fratello, M., Serra, A., Saarimäki, L. A., Gallud, A., Gupta, G., Vales, G., Correia, M., Rasool, O., Ytterberg, J., Monopoli, M., Skoog, T., Ritchie, P., Moya, S., Vázquez-Campos, S., Handy, R., Grafström, R., Tran, L., Zubarev, R., & 11 andraLahesmaa, R., Dawson, K., Loeschner, K., Larsen, E. H., Krombach, F., Norppa, H., Kere, J., Savolainen, K., Alenius, H., Fadeel, B. & Greco, D., dec. 2022, I: Nature Communications. 13, 1, 3798.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • Toxicity 100%
  • Nanomaterial 66%
  • Tamsulosin 66%
  • Nanomaterials 66%
  • Messenger RNA 33%
  14 Citeringar (Scopus)

  9 Nedladdningar (Pure)

• Early DNA methylation changes in children developing beta cell autoimmunity at a young age

  Starskaia, I., Laajala, E., Grönroos, T., Härkönen, T., Junttila, S., Kattelus, R., Kallionpää, H., Laiho, A., Suni, V., Tillmann, V., Lund, R., Elo, L. L., Lähdesmäki, H., Knip, M., Kalim, U. U. & Lahesmaa, R., maj 2022, I: Diabetologia. 65, 5, s. 844-860 17 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • DNA Methylation 100%
  • CD4 80%
  • Pyrosequencing 80%
  • Sample 60%
  • Reduced Representation Bisulfite Sequencing 60%
  7 Citeringar (Scopus)

  39 Nedladdningar (Pure)

• Long Intergenic Noncoding RNA MIAT as a Regulator of Human Th17 Cell Differentiation

  Khan, M. M., Khan, M. H., Kalim, U. U., Khan, S., Junttila, S., Paulin, N., Kong, L., Rasool, O., Elo, L. L. & Lahesmaa, R., 15 juni 2022, I: Frontiers in Immunology. 13, 856762.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • Differentiation 100%
  • Cell Differentiation 80%
  • Cellular Differentiation 80%
  • Interleukin 17 60%
  • Chromatin 40%
  6 Citeringar (Scopus)

  25 Nedladdningar (Pure)

• Pancreas Whole Tissue Transcriptomics Highlights the Role of the Exocrine Pancreas in Patients With Recently Diagnosed Type 1 Diabetes

  Välikangas, T., Lietzén, N., Jaakkola, M. K., Krogvold, L., Eike, M. C., Kallionpää, H., Tuomela, S., Mathews, C., Gerling, I. C., Oikarinen, S., Hyöty, H., Dahl-Jorgensen, K., Elo, L. L. & Lahesmaa, R., 13 apr. 2022, I: Frontiers in Endocrinology. 13, 861985.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • Diabetes 100%
  • Virus Detection 100%
  • Pancreas 88%
  • Insulin Dependent Diabetes Mellitus 55%
  • Diseases 44%
  27 Nedladdningar (Pure)

• Permutation-based significance analysis reduces the type 1 error rate in bisulfite sequencing data analysis of human umbilical cord blood samples

  Laajala, E., Halla-aho, V., Grönroos, T., Kalim, U. U., Vähä-Mäkilä, M., Nurmio, M., Kallionpää, H., Lietzén, N., Mykkänen, J., Rasool, O., Toppari, J., Orešič, M., Knip, M., Lund, R., Lahesmaa, R. & Lähdesmäki, H., 2022, I: Epigenetics. 17, 12

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • Variables 100%
  • Permutation 100%
  • Bisulfite Sequencing 100%
  • Bisulfite 100%
  • Methylation 66%
  2 Citeringar (Scopus)

  26 Nedladdningar (Pure)

• Persistent coxsackievirus B1 infection triggers extensive changes in the transcriptome of human pancreatic ductal cells

  Buchacher, T., Honkimaa, A., Välikangas, T., Lietzén, N., Hirvonen, M. K., Laiho, J. E., Sioofy-Khojine, A. B., Eskelinen, E. L., Hyöty, H., Elo, L. L. & Lahesmaa, R., 21 jan. 2022, I: iScience. 25, 1, 103653.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • Infection 100%
  • Enterovirus 75%
  • Cells 75%
  • Transcriptome 50%
  • In Vitro 25%
  4 Citeringar (Scopus)

  23 Nedladdningar (Pure)

• Umbilical cord blood DNA methylation in children who later develop type 1 diabetes

  Laajala, E., Kalim, U. U., Grönroos, T., Rasool, O., Halla-aho, V., Konki, M., Kattelus, R., Mykkänen, J., Nurmio, M., Vähä-Mäkilä, M., Kallionpää, H., Lietzén, N., Ghimire, B. R., Laiho, A., Hyöty, H., Elo, L. L., Ilonen, J., Knip, M., Lund, R. J., Orešič, M., & 4 andraVeijola, R., Lähdesmäki, H., Toppari, J. & Lahesmaa, R., sep. 2022, I: Diabetologia. 65, 9, s. 1534-1540 7 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • Diabetes 100%
  • Insulin Dependent Diabetes Mellitus 85%
  • Child 57%
  • DNA Methylation 42%
  • Analysis 28%
  3 Citeringar (Scopus)

  18 Nedladdningar (Pure)
• 2023

  Circulating metabolic signatures of rapid and slow progression to type 1 diabetes in islet autoantibody-positive children

  Lamichhane, S., Sen, P., Dickens, A. M., Kråkström, M., Ilonen, J., Lempainen, J., Hyöty, H., Lahesmaa, R., Veijola, R., Toppari, J., Hyötyläinen, T., Knip, M. & Orešič, M., 6 sep. 2023, I: Frontiers in Endocrinology. 14, 9 s., 1211015.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • Autoantibodies 100%
  • Gut Microbiome 25%
  1 Citeringar (Scopus)

  7 Nedladdningar (Pure)

• Gene expression signature predicts rate of type 1 diabetes progression

  INNODIA Consortium, juni 2023, I: EBioMedicine. 92, 12 s., 104625.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • Insulin Dependent Diabetes Mellitus 100%
  • Gene Expression Profiling 100%
  • Gene 100%
  • RNA Sequencing 66%
  • Autoantibody 66%
  5 Citeringar (Scopus)

  1 Nedladdningar (Pure)

• HIC1 interacts with FOXP3 multi protein complex: Novel pleiotropic mechanisms to regulate human regulatory T cell differentiation and function

  Andrabi, S. B. A., Batkulwar, K., Bhosale, S. D., Moulder, R., Khan, M. H., Buchacher, T., Khan, M. M., Arnkil, I., Rasool, O., Marson, A., Kalim, U. U. & Lahesmaa, R., nov. 2023, I: Immunology Letters. 263, s. 123-132 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  • FOXP3 100%
  • Multiprotein Complex 100%
  • Regulatory T Cell 100%
  • RNA Metabolism 50%
  • Untranslated RNA 50%

• PIM kinases regulate early human Th17 cell differentiation

  Buchacher, T., Shetty, A., Koskela, S. A., Smolander, J., Kaukonen, R., Sousa, A. G. G., Junttila, S., Laiho, A., Rundquist, O., Lönnberg, T., Marson, A., Rasool, O., Elo, L. L. & Lahesmaa, R., 26 dec. 2023, I: Cell Reports. 42, 12, 19 s., 113469.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • T Helper 17 Cell 100%
  • Moloney Murine Leukemia Virus 20%
  • STAT1 20%
  • PIM2 20%
  • Cytokine Signaling 20%
  2 Citeringar (Scopus)

  5 Nedladdningar (Pure)

• Profiling of peripheral blood B-cell transcriptome in children who developed coeliac disease in a prospective study

  DIABIMMUNE Study Group, feb. 2023, I: Heliyon. 9, 2, 11 s., e13147.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • Children 100%
  • Prospective Study 100%
  • B Cell 100%
  • Transcriptome 100%
  • Immunology 20%
  3 Nedladdningar (Pure)

• Serum APOC1 levels are decreased in young autoantibody positive children who rapidly progress to type 1 diabetes

  Hirvonen, M. K., Lietzén, N., Moulder, R., Bhosale, S. D., Koskenniemi, J., Vähä-Mäkilä, M., Nurmio, M., Orešič, M., Ilonen, J., Toppari, J., Veijola, R., Hyöty, H., Lähdesmäki, H., Knip, M., Cheng, L. & Lahesmaa, R., 24 sep. 2023, I: Scientific Reports. 13, 1, 11 s., 15941.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • Blood Plasma 100%
  • Mass Spectrometry 100%
  • Beta Cell 100%
  9 Nedladdningar (Pure)

• Targeted serum proteomics of longitudinal samples from newly diagnosed youth with type 1 diabetes distinguishes markers of disease and C-peptide trajectory

  Moulder, R., Välikangas, T., Hirvonen, M. K., Suomi, T., Brorsson, C. A., Lietzén, N., Bruggraber, S. F. A., Overbergh, L., Dunger, D. B., Peakman, M., Chmura, P. J., Brunak, S., Schulte, A. M., Mathieu, C., Knip, M., Elo, L. L. & Lahesmaa, R., 4 aug. 2023, I: Diabetologia. 66, 11, s. 1983-1996 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

  • C-Peptide 100%
  • Glutathione Peroxidase 3 57%
  • Glucose Level 42%
  • Selected Reaction Monitoring 42%
  • Apolipoprotein L1 14%
  3 Citeringar (Scopus)

  7 Nedladdningar (Pure)