Mark S Johnson

Professor, Biokemi
E-post: mark.s.johnson@abo.fi
Mobiltelefon: +358-404821642
Telefon: +358-2-2154014


Referentgranskade publikationer

A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Discovery of Compounds Inhibiting the ADP-Ribosyltransferase Activity of Pertussis Toxin (2020)
Yashwanth Ashok, Moona Miettinen, Danilo Kimio Hirabae de Oliveira, Mahlet Z. Tamirat, Katja Näreoja, Avlokita Tiwari, Michael O. Hottiger, Mark S. Johnson, Lari Lehtiö, and Arto T. Pulliainen
ACS Infectious Diseases
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
NBCZone: Universal three-dimensional construction of eleven amino acids near the catalytic nucleophile and base in the superfamily of (chymo)trypsin-like serine fold proteases (2020)
Alexander I. Denesyuk, Mark S. Johnson, Outi M.H. Salo-Ahen, Vladimir N. Uversky, Konstantin Denessiouk
International Journal of Biological Macromolecules
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
An unbiased in vitro screen for activating epidermal growth factor receptor mutations (2019)
Deepankar Chakroborty, Kari J. Kurppa, Ilkka Paatero, Veera K. Ojala, Marika Koivu, Mahlet Z. Tamirat, Jussi P. Koivunen, Pasi A. Jänne, Mark S. Johnson, Laura L. Elo, Klaus Elenius
Journal of Biological Chemistry
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Distinctive structural motifs co-ordinate the catalytic nucleophile and the residues of the oxyanion hole in the alpha/beta-hydrolase fold enzymes (2019)
Dimitriou PS, Denesyuk AI, Nakayama T, Johnson MS, Denessiouk K
Protein Science
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Evolution and functional classification of mammalian copper amine oxidases (2019)
de Carvalho LL, Bligt-Lindén E, Ramaiah A, Johnson MS, Salminen TA
Molecular Phylogenetics and Evolution
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Molecular features of steroid-binding antidins and their use for assaying serum progesterone (2019)
Agrawal N, Lehtonen SI, Uusi-Mäkelä M, Jain P, Viitala S, Määttä JAE, Kähkönen N, Azizi L, Riihimäki TA, Kulomaa MS, Johnson MS, Hytönen VP, Airenne TT
PLoS ONE
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Structural characterization of EGFR exon 19 deletion mutation using molecular dynamics simulation (2019)
Mahlet Z. Tamirat, Marika Koivu, Klaus Elenius, Mark S. Johnson
PLoS ONE
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Phylogenetic and mutational analyses of human LEUTX, a homeobox gene implicated in embryogenesis (2018)
Katayama Shintaro, Ranga Vipin, Jouhilahti Eeva-Mari, Airenne Tomi T., Johnson Mark S., Mukherjee Krishanu, Bürglin Thomas R., Kere Juha
Scientific Reports
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Top surface blade residues and the central channel water molecules are conserved in every repeat of the integrin-like β-propeller structures. (2018)
Denesyuk A, Denessiouk K, Johnson MS.
Journal of Structural Biology
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Alpha/beta-hydrolases: A unique structural motif coordinates catalytic acid residue in 40 protein fold families (2017)
Polytimi S. Dimitriou, Alexander Denesyuk, Seiji Takahashi, Satoshi Yamashita, Mark S. Johnson, Toru Nakayama, Konstantin Denessiouk
Proteins
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Building kit for metal cation binding sites in proteins. (2017)
Denesyuk AI, Permyakov SE, Johnson MS, Permyakov EA, Denessiouk K.
Biochemical and Biophysical Research Communications
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
In silico identification of milk antihypertensive di- and tripeptides involved in Angiotensin I-Converting Enzyme inhibitory activity (2017)
Vladimir R. Vukic, Dajana V. Vukic, Spasenija D. Milanovic, Mirela D. Ilicic, Katarina G. Kanuric, Mark S. Johnson
Nutrition Research
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Joint inflammation related citrullination of functional arginines in extracellular proteins (2017)
Sipilä Kalle H., Ranga Vipin, Rappu Pekka, Mali Markku, Pirilä Laura, Heino Ilona, Jokinen Johanna, Käpylä Jarmo, Johnson Mark S., Heino Jyrki
Scientific Reports
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Novel calcium recognition constructions in proteins: Calcium blade and EF-hand zone (2017)
Alexander I. Denesyuk, Sergei E. Permyakov, Mark S. Johnson, Eugene A. Permyakov, Konstantin Denessiouk
Biochemical and Biophysical Research Communications
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Structural characterization of core-bradavidin in complex with biotin (2017)
Agrawal N, Määttä JAE, Kulomaa MS, Hytönen VP, Johnson MS, Airenne TT
PLoS ONE
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
SUMOylation regulates nuclear accumulation and signaling activity of the soluble intracellular domain of the ErbB4 receptor tyrosine kinase (2017)
Anna M. Knittle, Maria Helkkula, Mark S. Johnson, Maria Sundvall, Klaus Elenius
Journal of Biological Chemistry
Visa på utgivarens sida
A2 Granskningsartikel, litteraturgranskning, systematisk granskning
Tailored approaches in drug development and diagnostics: from molecular design to biological model systems (2017)
Cecilia Sahlgren, Annika Meinander, Hongbo Zhang, Fang Cheng, Maren Preis, Chunlin Xu, Tiina A. Salminen, Diana Toivola, Daniel Abankwa, Ari Rosling, Didem Şen Karaman, Outi M. H. Salo-Ahen, Ronald Österbacka, John E. Eriksson, Stefan Willför, Ion Petre, Jouko Peltonen, Reko Leino, Mark Johnson, Jessica Rosenholm, Niklas Sandler
Advanced Healthcare Materials
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Extracellular citrullination inhibits the function of matrix associated TGF-β (2016)
Kalle H. Sipilä, Vipin Ranga, Pekka Rappu, Annamari Torittu, Laura Pirilä, Jarmo Käpylä, Mark S. Johnson, Hannu Larjava, Jyrki Heino
Matrix Biology
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Plasma Protein Binding of Anisomelic Acid: Spectroscopy and Molecular Dynamic Simulations (2016)
Rajendran Senthilkumar, Parthiban Marimuthu, Preethy Paul, Yesaiyan Manojkumar, Sankaralingam Arunachalam, John E Eriksson, Mark S. Johnson
Journal of Chemical Information and Modeling
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Activating ERBB4 mutations in non-small cell lung cancer (2015)
Kurppa KJ, Denessiouk K, Johnson MS, Elenius K.
Oncogene
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Artificial Avidin-Based Receptors for a Panel of Small Molecules (2015)
Soili I. Lehtonen, Antti Tullila, Nitin Agrawal, Sampo Kukkurainen, Niklas Kähkönen, Masi Koskinen, Tarja K. Nevanen, Mark S. Johnson, Tomi T. Airenne, Markku S. Kulomaa, Tiina A. Riihimäki, Vesa P. Hytönen
ACS Chemical Biology
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
A Novel Chimeric Avidin with Increased Thermal Stability Using DNA Shuffling (2014)
Barbara Taskinen, Tomi T. Airenne, Janne Jänis, Rolle Rahikainen, Mark S. Johnson, Markku S. Kulomaa, Vesa P. Hytönen
PLoS ONE
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Citrullination of collagen II affects integrin-mediated cell adhesion in a receptor-specific manner (2014)
Sipilä K, Haag S, Denessiouk K, Käpylä J, Peters EC, Denesyuk A, Hansen U, Konttinen Y, Johnson MS, Holmdahl R, Heino J
FASEB Journal
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Early Chordate Origin of the Vertebrate Integrin aI Domains (2014)
Chouhan BC, Käpylä J, Denessiouk K, Denesyuk A, Heino J, Johnson MS
PLoS ONE
Visa på utgivarens sida
A3 Bokavsnitt, kapitel i forskningsböcker
Evolution of Integrin I Domains (2014)
Mark S. Johnson, Bhanupratap Singh Chouhan
Springer
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Two Structural Motifs within Canonical EF-Hand Calcium- Binding Domains Identify Five Different Classes of Calcium Buffers and Sensors (2014)
Konstantin Denessiouk, Sergei Permyakov, Alexander Denesyuk, Eugene Permyakov, Mark S. Johnson
PLoS ONE
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Zebavidin- an avidin-like protein from Zebrafish (2013)
Barbara Taskinen, Joanna Zmurko, Markus Ojanen, Sampo Kukkurainen, Marimuthu Parthiban, Juha A. E. Määttä, Jenni Leppiniemi, Janne Jänis, Mataleena Parikka, Hannu Turpeinen, Mika Rämet, Marko Pesu, Mark S. Johnson, Markku S. Kulomaa, Tomi T. Airenne, Vesa P. Hytönen
PLoS ONE
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Active site opening and closure control translocation of multisubunit RNA polymerase (2012)
Malinen AM, Turtola M, Parthiban M, Vainonen L, Johnson MS, Belogurov GA
Nucleic Acids Research
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Probabilistic prediction of contacts in protein-ligand complexes (2012)
Hakulinen, Puranen, Lehtonen, Johnson, Corander
PLoS ONE
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Novel Vascular Endothelial Growth Factor D Variants with Increased Biological Activity (2009)
Toivanen PI, Nieminen T, Viitanen L, Alitalo A, Roschier M, Jauhiainen S, Markkanen JE, Laitinen OH, Airenne TT, Salminen TA, Johnson MS, Airenne KJ, Ylä-Herttuala S
Journal of Biological Chemistry
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Effects of conformational activation of integrin alpha 1I and alpha 2I domains on selective recognition of laminin and collagen subtypes (2008)
Mira Tulla, Matti Lahti, J. Santeri Puranen, Anna-Maria Brandt, Jarmo Käpylä, Anna Domogatskaya, Tiina A.Salminen, Karl Tryggvason, Mark S.Johnson, Jyrki Heino
Experimental Cell Research
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Functional Classification of Amino Acid Decarboxylases from the Alanine Racemase Structural Family by Phylogenetic Studies (2007)
Kidron H, Repo S, Johnson MS, Salminen TA
Molecular Biology and Evolution
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Binding properties of HABA-type azo derivatives to avidin and avidin-related protein 4 (2006)
Susanna Repo, Tiina A.Paldanius, Vesa P. Hytönen, Thomas K. M. Nyholm, Katrin K. Halling, Juhani Huuskonen, Olli T. Pentikäinen, Kari Rissanen, J. Peter Slotte, Tomi T. Airenne, Tiina A. Salminen, Markku S .Kulomaa, Mark S.Johnson
Chemistry and Biology
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Controlling quaternary structure assembly: Subunit interface engineering and crystal structure of dual chain avidin (2006)
Vesa P.Hytönen, JarnoHörhä, Tomi T.Airenne, Einari A.Niskanen, Kaisa J.Helttunen, Mark S.Johnson, Tiina A.Salminen, Markku S.Kulomaa, Henri R.Nordlund
Journal of Molecular Biology
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Inhibition of DNA binding by differential sumoylation of heat shock factors (2006)
Anckar J, Hietakangas V, Denessiouk K, Thiele DJ, Johnson MS, Sistonen L
Molecular and Cellular Biology
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Avidin related protein 2 shows unique structural and functional features among the avidin protein family (2005)
Vesa P Hytönen, Juha AE Määttä, Heidi Kidron, Katrin K Halling, Jarno Hörhä, Tuomas Kulomaa, Thomas KM Nyholm, Mark S Johnson, Tiina A Salminen, Markku S Kulomaa and Tomi T Airenne
BMC Biotechnology
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Crystal structure of the human vascular adhesion protein-1: Unique structural features with functional implications (2005)
Airenne TT, Nymalm Y, Kidron H, Smith DJ, Pihlavisto M, Salmi M, Jalkanen S, Johnson MS, Salminen TA
Protein Science
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Rapid turnover of c-FLIPshort is determined by its unique C-terminal tail (2005)
Poukkula, Kaunisto, Hietakangas, Denessiouk, Katajamäki, Johnson, Sistonen, Eriksson
Journal of Biological Chemistry
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
BODIL: a molecular modeling environment for structure-function analysis and drug design (2004)
Jukka V. Lehtonen, Dan-Johan Still, Ville-V. Rantanen, Jan Ekholm, Dag Björklund, Zuhair Iftikhar, Mikko Huhtala, Susanna Repo, Antti Jussila, Jussi Jaakkola, Olli Pentikäinen, Tommi Nyrönen, Tiina Salminen, Mats Gyllenberg, Mark S. Johnson
Journal of Computer-Aided Molecular Design
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Chicken avidin-related protein 4/5 shows superior thermal stability when compared with avidin while retaining high affinity to biotin (2004)
Hytönen, Nyholm, Pentikäinen, Vaarno, Porkka, Nordlund, Johnson, Slotte, Laitinen, Kulomaa
Journal of Biological Chemistry
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Efficient production of active chicken avidin using a bacterial signal peptide in Escherichia coli (2004)
Hytönen VR, Laitinen OH, Airenne TT, Kidron H, Meltola NJ, Porkka EJ, Hörhä J, Paldanius T, Määttä JAE, Nordlund HR, Johnson MS, Salminen TA, Airenne KJ, Ylä-Herttuala S, Kulomaa MS
Biochemical Journal
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Jararhagin-derived RKKH peptides induce structural changes in alpha I-1 domain of human integrin alpha(1)beta(1) (2004)
Nymalm Y, Puranen JS, Nyholm TKM, Käpylä J, Kidron H, Pentikäinen OT, Airenne TT, Heino J, Slotte JP, Johnson MS, Salminen TA
Journal of Biological Chemistry
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Crystallization and preliminary X-ray analysis of the human vascular adhesion protein-1 (2003)
Nymalm Y, Kidron H, Söderholm A, Viitanen L, Kaukonen K, Pihlavisto M, Smith D, Veromaa T, Airenne TT, Johnson MS, Salminen TA
Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Chloroethylclonidine and 2-aminoethyl methanethiosulfonate recognize two different conformations of the human alpha(2A)-adrenergic receptor (1999)
Anne Marjamäki, Heini Frang, Marjo Pihlavisto, Anna-Marja Hoffrén, Tiina Salminen, Mark S. Johnson, Jaana Kallio, Jonathan A. Javitch, Mika Scheinin
Journal of Biological Chemistry
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Common structural elements in the architecture of the cofactor-binding domains in unrelated families of pyridoxal phosphate-dependent enzymes (1999)
Denessiouk, Denesyuk, Lehtonen, Korpela, Johnson
Proteins
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Finding local structural similarities among families of unrelated protein structures: a generic non-linear alignment algorithm (1999)
Lehtonen, Denessiouk, May, Johnson
Proteins
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Production, crystallization and preliminary X-ray analysis of the human integrin alpha(1) I domain (1999)
T. A. Salminen, Y. Nymalm, J. Kankare, J. Käpylä, J. Heino and M. S. Johnson
Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Three-dimensional models of alpha(2A)-adrenergic receptor complexes provide a structural explanation for ligand binding (1999)
Salminen T, Varis M, Nyrönen T, Pihlavisto M, Hoffren AM, Lönnberg T, Marjamäki A, Frang H, Savola JM, Scheinin M, Johnson MS
Journal of Biological Chemistry
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Enzyme-mononucleotide interactions: three different folds share common structural elements for ATP recognition (1998)
Denessiouk, Lehtonen, Johnson
Protein Science
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Structural model of the catalytic domain of an enzyme with cell adhesion activity: human vascular adhesion protein-1 (HVAP-1) D4 domain is an amine oxidase (1998)
Salminen TA, Smith DJ, Jalkanen S, Johnson MS
Protein Engineering, Design and Selection
Visa på utgivarens sida
A1 Originalartikel i en vetenskaplig tidskrift (referentgranskad)
Two "unrelated" families of ATP-dependent enzymes share extensive structural similarities about their cofactor binding sites (1998)
Denessiouk, Lehtonen, Korpela, Johnson
Protein Science
Visa på utgivarens sida


Övriga publikationer

O2 Annat
Receptor-ligand complex models of human alpha(2A)-adrenergic receptor (1998)
Nyranen TH, Hoffran AM, Salminen T, Laaksonen L, Johnson MS, Akademi A
Journal of Molecular Graphics and Modelling

Senast uppdaterad 2019-10-05 vid 08:08